Hoe koppel je jouw GitHub-repository aan Zenodo voor een persistente identifier

Stel: je hebt net een mooi stuk onderzoekssoftware op GitHub gezet. Het werkt, het is open source, en je collega’s kunnen er mee aan de slag.

Maar hoe zorg je ervoor dat jouw werk ook over tien jaar nog vindbaar en citeerbaar is?

Daar komt Zenodo om de hoepel. En het mooie? Het koppelen van GitHub aan Zenodo is eenvoudiger dan je denkt — en het geeft jouw code een permanente vingerafdruk in de wetenschappelijke wereld.

Waarom Zenodo? (En waarom je dit écht moet doen)

GitHub is geweldig voor samenwerking en versiebeheer, maar het is geen archief.

Repos kunnen verdwijnaan, hernoemd of zelfs verwijderd worden. Voor onderzoekers is dat een probleem: als iemand jouw code wil citeren, moet er een stabiele, persistente identifier zijn. Denk aan een DOI — die krijg je automatisch via Zenodo.

Zenodo is een gratis, door CERN beheerd archief dat speciaal is gemaakt voor onderzoeksoutput. Het slaat niet alleen code op, maar ook datasets, presentaties en andere onderzoeksmaterialen.

En het beste: elke release van jouw GitHub-repository krijgt automatisch een unieke DOI.

Zo wordt jouw software serieus citeerbaar — precies wat je nodig bent voor Open Science en reproduceerbaarheid.

Stap 1: Maak een Zenodo-account aan (of log in via GitHub)

Voordat je begint, heb je een Zenodo-account nodig. Geen zorgen: je hoeft niet opnieuw een wachtwoord te verzinnen.

Je kunt gewoon inloggen met je GitHub-account. Dat maakt het proces een stuk sneller en zorgt er bovendien voor dat je accounts direct aan elkaar gekoppeld zijn. Ga naar Zenodo, klik op “Sign up”, en kies voor de optie om in te loggen met GitHub.

Je wordt dan doorgestuurd naar GitHub om toestemming te geven. Eenmaal terug op Zenodo, is je account klaar — en al gekoppeld aan GitHub. Handig, toch?

Stap 2: Activeer de GitHub-integratie in Zenodo

Nu komt het cruciale deel. In je Zenodo-profiel ga je naar het tabblad “GitHub” (onder “Settings” > “GitHub”).

Hier zie je een lijst van al je publieke repositories. Voor elk repo kun je een schakelaar omzetten om de integratie in te schakelen. Let op: alleen repositories waar je eigenaar van bent (of waar je admin-rechten voor hebt) verschijnen hier.

Private repos worden niet ondersteund — Zenodo archiveert alleen openbare code. Dus zorg ervoor dat je repository publiek is voordat je verdergaat.

Zodra je de schakelaar aanzet voor een bepaald repo, wordt die gekoppeld aan Zenodo. Vanaf dat moment wordt elke nieuwe release die je op GitHub maakt automatisch gearchiveerd in Zenodo — inclusief metadata, bestanden en een DOI.

Stap 3: Maak een release op GitHub (en wacht op je DOI)

Het activeren van de integratie is nog niet genoeg. Zenodo reageert alleen op releases — dus gewone commits of pushes volstaan niet.

Je moet expliciet een release aanmaken op GitHub. Dat doe je zo: ga naar je repository op GitHub, klik op “Releases”, en dan op “Create a new release”.

Geef het een versienummer (bijvoorbeeld v1.0.0), voeg een titel en beschrijving toe, en publiceer. Binnen enkele minuten ontvang je een e-mail van Zenodo met je DOI. Die kun je direct gebruiken in publicaties, of maak een CITATION.cff bestand aan om je software correct te laten citeren in je repository’s README.

Tip: gebruik semantische versiebewerking (major.minor.patch). Dat maakt het voor anderen duidelijk wat de impact van een update is — en het ziet er professioneel uit.

Wat er precies gebeurt achter de schermen?

Elke keer als je een release maakt, pakt Zenodo de volledige snapshot van je code op dat moment.

Het maakt een ZIP-archief aan, voegt metadata toe (zoals auteurs, licentie, beschrijving), en slaat het veilig op in hun infrastructuur — verspreid over meerdere datacentra van CERN. Jouw code is daarmee niet alleen open, maar ook duurzaam bewaard. Wil je weten hoe je broncode duurzaam borgt via Software Heritage? Dat is een uitstekende aanvulling op Zenodo.

En hier wordt het echt krachtig: je kunt je Zenodo-account ook koppelen aan ORCID. Zo wordt je gearchiveerde software automatisch aan je ORCID-profiel toegevoegd. Dat betekent meer zichtbaarheid, meer citaten, en een sterker onderzoeksprofiel — zonder extra werk.

Veelgemaakte fouten (en hoe je ze vermijdt)

Ten eerste: vergeet niet dat alleen releases tellen. Veel mensen pushen code denken dat Zenodo het oppikt, maar dat is niet zo. Je moet dus bewust een release aanmaken — bijvoorbeeld bij elke grote mijlpaal of publicatie.

Ten tweede: controleer je licentie. Zenodo toont de licentie die in je repository staat.

Als die ontbreekt, wordt je code technisch gezien niet vrij te gebruiken — ook al staat het op GitHub. Dus voeg altijd een duidelijke licentie toe (zoals MIT of GPL-3.0).

En ten derde: pas op met het wijzigen van oude releases. Als je een release opnieuw publiceert, kan Zenodo een nieuwe DOI genereren. Dat kan verwarring veroorzaken. Beter is om gewoon een nieuwe release te maken met een hoger versienummer.

Conclusie: kleine moeite, groot resultaat

Het koppelen van GitHub aan Zenodo kost je vijf minuten — maar levert een blijvende waarde op. Jouw onderzoekssoftware wordt vindbaar, citeerbaar en duurzaam bewaard.

Precies wat Open Science vraagt. En het mooie: het werkt volledig automatisch vanaf het moment dat je de integratie activeert.

Dus als je serieus bent over reproduceerbaarheid, transparantie en wetenschappelijke integriteit — begin vandaag nog. Koppel je repo, maak een release, en publiceer je onderzoekscode op de juiste manier. Want goede software verdient meer dan alleen een ster op GitHub.